Deux-cents ans après l’apparition du Chakra et des premiers Shinobis, les villages cachés ont vu l’émergence de nombreuses organisations et même d’un Empire. Mais un ennemi commun semble déterminé à bouleverser l’ordre établi : l’Homme au Chapeau. Ce dernier, allant jusqu’à s’emparer du Dieu des Éléments, l’une des Neuf Divinités du monde ninja, a indirectement déclaré la guerre aux Shinobis.
Rassemblés lors d’un Sommet aussi secret qu’inédit, les représentants des forces shinobi ont appris l’existence de Kinjutsu, techniques interdites transmises secrètement à quelques élus depuis les premiers scellements des Dieux. Ces techniques leur permettront de pouvoir réveiller, combattre et sceller les Dieux un par un. Ainsi, ils espèrent pouvoir trouver le Neuvième et dernier divin, le Dieu Renard.
Car si l’Homme au Chapeau – lui qui avec son chakra maîtrise le temps – arrive à sceller le Dieu Renard, il serait à tout jamais imbattable et pourrait réduire à néant l’ordre shinobi. A l’aube de cette course contre la montre, et tandis qu’un conflit entre Kumo et l’Empire se profile, quelle place aurez-vous dans l’Histoire ?